| 仙台 | ||
| ＤＦマルケン | 退団 | 無期限の謹慎処分とされ、 ６月以降の契約を更新せず。 |
| 鹿島 | ||
| ＭＦクラウデシール | 獲得 | パルメイラスからレンタル移籍。 契約期間は０４年１月１日まで。 |
| ＦＷ鈴木隆行 | 復帰 | レンタル先のゲンクが 今季終了後に鹿島に復帰すると発表。 |
| 浦和 | ||
| ＦＷエジムンド | 退団 | ブラジルに帰国したいという同選手の 強い申し入れがあり、慰留を断念。 |
| ジェフユナイテッド市原 | ||
| 柏レイソル | ||
| ＦＷエジウソン | 退団？ | 解雇報道有り。 |
| ＦＷジュシエ | 獲得 | クルゼイロからレンタル移籍。 契約期間は０４年１月１日まで。 |
| ＭＦホベルチ | 獲得 | レンタルで獲得。 契約期間は０４年１月１日まで。 |
| ＦＣ東京 | ||
| 徳永悠平 | 特別指定選手 | 早大より。認定期間は７月２０日まで。 |
| 岩政 | 特別指定選手 | 東学大より。認定期間は８月３１日まで。 |
| 東京ヴェルディ１９６９ | ||
| 高部聖 | 特別指定選手 | 東洋大より。認定期間は６月３０日まで。 |
| ＧＫ時久省吾 | 強化指定選手 | 早稲田大より。 認定期間は４月２２日〜８月３１日まで。 |
| ロリ監督 | 休養 | 成績不振のため休養。 当面はレアンドロ・ヘッドコーチが指揮。 |
| 横浜Ｆマリノス | ||
| 塩田仁史 | 特別指定選手 | 流通経済大より。 認定期間は４月８日〜７月３１日まで。 |
| 清水エスパルス | ||
| ジュビロ磐田 | ||
| ＭＦ菊地直哉 | 新加入 | 清水商業高出身 |
| 名古屋グランパスエイト | ||
| ＭＦ秋葉竜児 | 新加入 | 東海大翔洋高出身 |
| ＦＷ前田雅文 | 特別指定選手 | 関大より。認定期間は８月３１日まで。 |
| ＧＫ広野耕一 | 獲得 | 高田ＦＣ（関西社会人リーグ）より移籍。 |
| ＦＷヴァスティッチ | 退団 | ６月以降の契約を延長せず。 |
| 京都パープルサンガ | ||
| ＦＷ安孝錬 | 退団 | 釜山への移籍手続きが完了。 |
| ガンバ大阪 | ||
| ＭＦ家長昭博 | トップチームに昇格 | Ｇ大阪ユース出身。 |
| ＭＦ寺田紳一 | トップチームに昇格 | Ｇ大阪ユース出身。 |
| ＦＷ三木良太 | トップチームに昇格 | Ｇ大阪ユース出身。 |
| セレッソ大阪 | ||
| ＭＦアレン | 退団 | 契約を更新せず。 |
| 上田一志 | 特別指定選手 | 奈良育英高より。 認定期間は６月１日〜９月３０日まで。 |
| 苔口卓也 | 特別指定選手 | 玉野光南高より。 認定期間は６月１日〜８月３１日まで。 |
| ヴィッセル神戸 | ||
| ＤＦ田渕龍二 | 加入 | 元札幌。移籍リスト掲載後、神戸に加入。 |
| 大分トリニータ | ||
| ＤＦ路木龍次 | 加入 | 神戸を退団後、練習生として 練習に参加し、正式契約。 |
| ＧＫノグチ・ピント | 新加入 | 今季から練習生として参加後、正式契約。 契約期間は２００４年１月３１日まで。 |
| 田代 | 特別指定選手 | 福岡大より。期間は８月３１日まで。 |