| 札幌 | ||
| ＭＦベット | 退団 | 本人の強い希望により退団。 |
| ＭＦビタウ | 獲得 | ポンチ・プレッタより移籍。 契約期間は５月１７日から ０４年１月２日まで。 |
| ＤＦ田渕龍二 | 退団 | 移籍リスト掲載後、神戸に加入。 |
| 山形 | ||
| 水戸 | ||
| ＭＦ黄学淳 | レンタル移籍 | ＹＫＫにレンタル移籍 |
| ＭＦパチョと | 獲得 | テムコから移籍。 契約期間は１２月３１日まで。 |
| ＭＦフランク | 獲得 | フェロルから移籍。 契約期間は１２月３１日まで。 |
| 大宮 | ||
| ＦＷ大沢朋也 | 新加入 | 帝京高校出身 |
| 川崎 | ||
| 横浜FC | ||
| ＤＦモネール | 現役引退 | 引退後、チームスタッフに就任。 |
| 湘南 | ||
| サミア監督 | 辞任 | 成績不振のため辞任。 後任には山田松市コーチが昇格。 |
| 甲府 | ||
| 本多剛 |
特別指定選手 | 専修大より。 期間は３月２５日から７月２４日まで。 |
| ＭＦ渡辺誠 | 新加入 | 国士大出身 |
| 新潟 | ||
| ＦＷジェイウソン | レンタル移籍 | ミラソールＦＣからのレンタル移籍。 期間は０４年１月１日まで。 |
| 広島 | ||
| ＦＷマルセロ | 獲得 | クルゼイロから移籍。 契約期間は５月１日から０４年１月１日まで。 |
| ＦＷエルツェッグ | 退団 | ハイデュグ・スプリト（クロアチア） からのレンタル移籍が終了。 |
| 福岡 | ||
| ＭＦ有光亮太 | 新加入 | 東海大五高出身で練習生。 契約期間は７月３１日まで。 |
| 鳥栖 | ||
| 千疋監督 | 事実上の解任？ | 成績不振のため、選手起用や戦術 については千疋監督に代わって アンドレ・コーチが決めることになった。 |